È strutturato in tre sezioni appartenenti al periodo preistorico e protostorico, romano, tardo antico ed alto medievale. Nella sezione Preistorica e Protostorica sono esposti molti reperti di industria litica, in selce e calcare, su ciottoli e schegge, risalenti all'Homo Erectus e all'Homo Sapiens, oltre a frammenti di ceramica e materiali metallici, sia in bronzo che in ferro. La sezione Romana presenta prodotti in terracotta, ceramica a vernice nera, marmi, iscrizioni e mosaici provenienti dalle molte strutture insediative e sepolcreti dislocati lungo il percorso della Via Flaminia. Infine, la sezione Tardo-Antica ed Alto-Medievale accoglie soprattutto reperti provenienti dalla necropoli longobarda del Portone.