Tra le opere di maggior pregio vi è una Maestà attribuita a Giotto, proveniente dal Palazzo del Capitano del Popolo, un gonfalone di Niccolò di Liberatore detto l’Alunno e la Vergine col Bambino, staccata da porta San Giacomo, attribuita al giovane Perugino. Sono inoltre presenti affreschi di Ottaviano Nelli, Andrea e Tiberio d’Assisi, tele di Dono Doni, Giacomo Giorgetti e Cesare Sermei. Ampio spazio è dedicato ai maestri giotteschi: una sala ospita le opere di Puccio Capanna, tra cui la pregevole Madonna col Bambino e san Francesco proveniente da porta San Rufino.
Opere presenti:
Madonna in trono col Bambino, attribuito a Giotto
Madonna in trono col Bambino, angeli e san Francesco, Palmerino di Guido
Opere presenti:
Madonna col Bambino e san Francesco, Puccio Capanna
Opere presenti:
L’orazione nell’orto, Pace di Bartolo
Opere presenti:
Madonna della Misericordia, san Francesco e san Rufino, Tiberio di Assisi
L’Annunciazione, Tiberio di Assisi
San Rocco e sant’Antonio, Tiberio di Assisi
Santa Caterina d’Alessandria, Tiberio di Assisi
San Sebastiano, Tiberio di Assisi
Opere presenti:
Madonna col Bambino, attribuito a Pietro Vannucci
Gonfalone, Niccolò di Liberatore
Opere:
San Francesco che riceve le stimmate, Dono Doni
L’Annunciazione, Dono Doni
San Francesco morente benedice Assisi, Cesare Sermei